Suomen Rooman-instituuttia ylläpitävä säätiö Institutum Romanum Finlandiae perustettiin Helsingissä 4.11.1938 Amos Andersonin aloitteesta.
Villa Lanten renessanssihuvila tuli kuvaan mukaan sodan jälkeen, kun Suomen Vatikaanin asiainhoitaja Göran Stenius ilmoitti tohtori Andersonille, että kenraali Demetrio Helbig, joka omisti lähetystön käytössä olevan Villa Lanten, olisi halukas hyvin edullisin ehdoin luovuttamaan instituutille tarvittavat tilat tästä taidehistoriallisesti suunnattoman arvokkaasta mutta huonokuntoisesta renessanssihuvilasta.
Keväällä 1950 Anderson ja säätiön sihteeri Torsten Steinby matkustivat Roomaan, ja Villa Lante ostettiin Suomelle 23.4.1950 Amos Andersonin myöntämän tuen turvin. Huvila tuli siis Suomen valtion omistukseen mutta säätiön käyttöön, ja rakennusta alettiin restauroida instituuttikäyttöä varten.
Pitkällisten ja vaikeiden korjaustöiden jälkeen instituutti vihittiin vihdoin juhlallisesti käyttöön 29.4.1954.
Talossa oli kuitenkin ollut asukkaina tutkijoita ja taiteilijoita jo ennen vihkimistä. Varsinainen tieteellinen toiminta alkoi avajaisten jälkeen: ideana oli alusta alkaen järjestää sekä tieteellisiä että yleissivistäviä kursseja, perustaa työryhmiä ja lisäksi mahdollistaa yksittäisten stipendiaattien tutkimustoimintaa Roomassa.
Ensimmäisen johtajan Torsten Steinbyn (1908-1995) johtajakaudella 1953–55 ei vielä järjestetty varsinaisia kursseja eikä tutkimusryhmien toimintaa. Hänen aikanaan tärkeimmän kurssin järjesti heti instituutin avauduttua Helsingin yliopiston silloinen rehtori ja säätiön hallituksen puheenjohtaja Edwin Linkomies. Kurssin aiheena oli Augustuksen ajan Rooma, ja siihen osallistui historian ja klassillisen filologian opiskelijoita, joista monet, kuten Iiro Kajanto ja Päiviö Tommila, etenivät myöhemmin merkittäviin asemiin Suomen yliopistoelämässä.
Toisen johtajan Henrik Zilliacuksen (1908-1992) aikana 1956–59 instituutin toiminta lähti jo suuntaan, josta tulisi sille tunnusomainen seuraavien vuosikymmenten aikana: keskiöön nousi piirtokirjoitusten eli epigrafiikan tutkiminen. Zilliacus veti kaksi pitkää piirtokirjoituskurssia ja kokosi työryhmän, joka toimitti Vatikaanin museon Galleria Lapidarian kaikki julkaisemattomat piirtokirjoitukset. Työhön liittyvät Iiro Kajannon ja Henric Nordbergin piirtokirjoituksia ja niihin liittyvää nimistöä laajemmin käsittelevät tutkimukset.
Vulgäärilatinan maailmankuulun erikoistuntijan professori Veikko Väänäsen (1905-1997, johtajana 1959-62) oppilaat tutkivat ja julkaisivat Palatinus-kukkulan ”graffiiteja”, seiniin raapustettuja kirjoituksia.
Historian professori Jaakko Suolahti (1918-1987) aloitti uuden aikakauden instituutin tutkimuksessa. Johtajakaudellaan 1962–65 hän aloitti tiilileimojen tutkimuksen. Aluksi tutkimus keskittyi Rooman satamakaupungin Ostian tiilileimojen julkaisemiseen mutta myöhemmin erityisesti Eva Margareta Steinbyn tutkimukset ovat laajentuneet koko Rooman ympäristössä kukoistaneen tiiliteollisuuden tutkimukseen.
Toinen myöhempi historian professori ja kansainvälisesti arvostettu numismaatikko Patrick Bruun (1920-2007), johtajana vuosina 1965-68, selvitti oppilaineen etruskien roomalaistumisen ongelmaa ennen kaikkea taiteentutkimuksen ja kielihistorian avulla.
Veikko Väänäsen toinen työryhmä (1968) keräsi ja julkaisi yhteistyössä Vatikaanin museoiden kanssa Via Trimphaliksen varrella olleen keisariaikaisen hautausmaan piirtokirjoitukset. Latinisti Tuomo Pekkasen (johtajana 1970-72) ja hänen työryhmänsä mielenkiinnon kohteena olivat kirjallisissa lähteissä säilyneet varhaiset maininnat suomalaisista ja suomensukuisista heimoista. Taidehistorioisija Henrik Lilius (johtajana 1972-76) oli renessanssitaiteen erikoistuntija. Hänen valvonnassaan Villa Lante restauroitiin ja professori Lilius pystyi kirjoittamaan perusteellisen teoksen rakennuksen arkkitehtuurista ja kuvakoristelusta. Hänen työryhmänsä tutkimusaiheena oli renessanssiajan kylpyhuoneet, nk. stufettat. Instituutin perinteikästä piirtokirjoitus- ja nimistötutkimusta sen sijaan edusti Heikki Solin (johtajana 1976-79), kansainvälisesti arvostettu epigraafikko ja onomastikko. Prof. Solinin työryhmän aiheena oli Latiumin historia ennen kaikkea piirtokirjoitusten perusteella.
Johtajan ja hänen työryhmänsä tutkimuksen lisäksi instituuttiin perustettiin 1970-luvulla myös muita tutkimusryhmiä, jotka liittyivät ennen kaikkea suurempiin arkeologisiin projekteihin. Kaivauksia suoritettiin yhteispohjoismaisin voimin aluksi 1976 alkaen muinaisen Ficanan, Ostian varhaishistoriallisen edeltäjän alueella.
Osa Ficanan kaivauksissa ensi kertaa klassillisella maaperällä kaivauskokemusta saaneista arkeologeista oli myöhemmin mukana Eva Margareta Steinbyn (johtajana vuosina 1979-82) suuressa projektissa, jonka kohteena oli Forum Romanumilla sijainneen Lacus Iuturnaen alueen historia. Projektiin kuului paitsi alueen arkeologinen tutkimus, myös siihen liittyvän laajan kirjallisen ja historiallisen tradition analysointi. Tiilitutkimuksen ohella Lacus Iuturnae -projekti on suurin ja eniten huomiota saanut yksittäinen hanke instituutin tutkimushistoriassa.
Vuosina 1982-85 johtajana toiminut Turun yliopiston ensimmäinen kulttuurihistorian professori Veikko Litzen (1933-2011) oli kiinnostunut myöhäisantiikin kulttuurin murroksesta. Unto Paananen, antiikintutkimuksen dosentti Oulun yliopistosta sen sijaan tutki oppilaineen vuosina 1986-89 Rooman tasavallan ajan säätytaisteluja.
Anne Helttulan johtajakautena vuosina 1989-92 palattiin piirtokirjoitustutkimuksiin. Hänen työryhmänsä julkaisi ja kommentoi Rooman satamakaupungin Portuksen hautausmaan, nk. Isola Sacran, keisariaikaiset piirtokirjoitukset. Eva Margareta Steinby oli toisella johtajakaudella vuosina 1992-94 tutkien roomalaisen rakentamisen poliittis-ideologisia ja sosiaalisia aspekteja mutta hänet kutsuttiin Oxfordin yliopiston professoriksi eikä hän ehtinyt perustaa varsinaista työryhmää.
Päivi Setälän (1943-2014, johtajana 1994-97) tutkimusryhmän aiheeksi muotoutui naiset, varallisuus ja valta Rooman keisarikunnassa. Ryhmä mm. vertasi naisten varallisuutta miesten varallisuuteen sekä tarkasteli mihin naiset varallisuuttaan käyttivät.
Arkeologisia kaivauksia tehtiin yhteispohjoismaisin voimin Nemi-järven rannalla vuosina 1998-2002 jolloin siellä kaivettiin esiin laaja keisarillinen huvila. Lisäksi instituutti on avustanut muita arkeologisia projekteja, kuten varhaishistoriallisen Crustumeriumin kaivausprojektia Rooman pohjoispuolella vuosina 2004-2008.
Toronton yliopiston roomalaisen historian professori Christer Bruun (johtajana 1997-2000) tutki Rooman antiikinaikaista vesihuoltoa mutta Villa Lanten korjaustöiden ja niitä seuranneen sulkemisen takia hän ei pystynyt perustamaan perinteistä työryhmää. Christian Krötzl (johtajana 2000-2003) oli ensimmäinen keskiajantutkija instituutin johtajana. Hänen tutkimusaiheensa olivat kommunikaation ja sen moninaiset piirteet keskiajan Roomassa.
Epigraafikko ja myöhempi kreikan kielen ja kirjallisuuden professori Mika Kajava tutki oppilaineen vuosina 2003-2006 oraakkeli-instituutioita ja oraakkelikonsultaatioita hellenistisellä ja roomalaisella ajalla. Historiantutkija Kaj Sandberg (johtajana 2006-2009) tutki Rooman poliittisen järjestelmän kehitystä Rooman tasavallan aikana.
Vuosina 2009-2013 johtajana toiminut Katariina Mustakallio julkaisi työryhmänsä kanssa tutkimuksia lapsuudesta, nuoruudesta ja uskonnosta antiikin ja keskiajan maailmassa. Keskiajan tutkija Tuomas Heikkilän (johtajana 2013-2017) työryhmän kohteena olivat keskiaikaiset kalenterit, aika ja sen jäsentäminen.
Vuosina 2013–2015 toteutetun tutkimusprojektin kohteena oli Naksoksen kaupunki, joka oli varhaisin kreikkalainen siirtokunta Sisiliassa. Projekti oli kolmikantainen yhteistyö Naksoksen museon ja Suomen Ateenan- ja Rooman-instituuttien välillä.
Tukholman yliopiston antiikintutkimuksen professori Arja Karivieri (johtajana 2017-2021) järjesti suuren Ostiaa koskevan näyttelyn Tampereella ja sen yhteydessä perusteellisen tieteellisen julkaisun aiheesta. Hänen työryhmänsä aiheena on Ostian ja Portuksen vaiheet myöhäisantiikista varhaiskeskiajalle. Ria Berg on ollut johtajana vuodesta 2021 ja hänen tutkimusaiheensa on antiikin roomalaisten luontosuhde.
Instituutin piirissä on työryhmien ohella tehty paljon yksittäisiä tutkimuksia. Johtajan lisäksi tärkeimmät ja pitkäaikaisimmat instituutin tutkijapaikat ovat Wihurin stipendiaatit (v. 1965 alkaen) ja assistentit (v. 1973 alkaen). Assistentuuri muutettiin post doc -toimeksi eli tutkijalehtoraatiksi 2009. Useiden assistenttien pääasiassa instituutin piirissä tehdyt väitöskirjat on julkaistu instituutin julkaisusarjassa.
Tieteen lisäksi myös taiteiden, erityisesti kuvataiteen, edistäminen on alusta pitäen ollut osa instituutin toimintaa. Rakel Wihurin tuella Villa Lanten alakerroksiin rakennettu taiteilija-ateljee valmistui 1966. Sen jälkeen kymmenet suomalaiset eturivin taiteilijat ovat voineet työskennellä ainutlaatuisen maiseman äärellä.
