Huvilan kolmessa sivuhuoneessa on freskoin koristellut nk. peiliholvikatot. Kattoja koristavat taidokkaasti tehdyt groteskiaiheiset freskomaalaukset. Groteskimaalaukset kuvaavat mytologian ja kasvi- ja eläinkunnan välisiä hybrideitä ja fantasiahahmoja.
Raffaellon koulukunnan artistit saivat aiheensa groteskimaalauksiin ”luolista” (italiaksi grotta, josta tyylin nimikin tulee), maan alle hautautuneista antiikkisista rakennuksista, joista erityisen merkittävä oli juuri noihin aikoihin löydetty keisari Neron nk. kultainen talo, Domus Aurea.
Mytologisten hahmojen joukosta on helppo tunnistaa myös Baldassarre Turinin symboli vinttikoira ja Medici-suvun leijona. Instituutin toimiston katon pienissä suorakaiteenmuotoisissa kentissä on kuvattu kolme antiikin kuuluisaa rakkaustarinaa: Amor ja Psykhe (länsi- ja eteläsivu), Bacchus ja Ariadne (pohjoissivu, Bacchuksen symboleina delfiini ja elefantti) sekä Orfeus ja Eurydike (itäsivu). Vatikaanin suurlähetystön kansliassa säilyneiden freskojen aiheet ovat vaikeammin tulkittavissa. Vaikuttaa siltä, että osa on puhtaasti koristeellisia vailla symbolimerkitystä. Osassa (länsi-, pohjois- ja todennäköisesti myös itäsivulla) puolestaan on nähtävissä Jasonin ja kultaisen taljan legendaan liittyviä kohtauksia. Pohjoissivulla, salonen puolella, on tunnistettavissa Jason, joka kyntää Vulkanuksen härillä. Raffaellon muotokuvan vieressä oleva ratsastajahahmo on (luultavasti) Marcus Curtius, joka isänmaansa pelastaakseen syöksyi maan syvyyksiin keskellä Forum Romanumia.
Johtajan työhuoneessa olevat pyöreät keskuskuvat ovat kopioita Raffaellon kuuluisista naishahmoista. Pohjoisholvissa on tyylitelty versio Firenzen Palazzo Pittin maalauksesta ”Hunnutettu nainen” (La Velata), salonen puoleisessa holvissa taas Raffaellon rakastettu, legendan mukaan trastevereläisen leipurin tytär ”La Fornarina”.
Eteisen puoleisessa holvissa on ”La Gravida” – myös sen alkuperäinen versio on Firenzessä. Länsi-ikkunan yläpuolella on kuvattu yksi Santa Maria della Pace -kirkon maalauksista tunnetuista sibylloista. Raffaellon vaikutus näkyy myös toimiston naishahmoissa, joskaan ei aivan yhtä selvästi kuin johtajan työhuoneessa. Erityisen huomion arvoinen on pohjoissivun (eteisen puolen) medaljongin kaunis muotokuva, jonka mallina on mahdollisesti käytetty Domenico Ghirlandaion maalaamaa muotokuvaa Lucrezia Tornabuonista. (Alkuperäinen maalaus on Firenzessä Santa Maria Novellan kirkon Cappella Tornabuonissa).
Vatikaanin suurlähetystön kanslian muotokuvat puolestaan esittävät firenzeläisen perinteen kuuluisia miehiä: Petrarcaa, Dantea, Medici-suvun hovirunoilija Polizianoa sekä itse Raffaelloa, jonka kuva on kopioitu Louvressa olevasta ns. kaksoismuotokuvasta (Doppio ritratto).
Sivuhuoneiden freskojen aihepiiri on Henrik Liliuksen mukaan Boccaccion teoksesta Amorosa Visione. Boccaccion tarina kertoo nuoresta runoilijasta, joka kauniin neidon johdattamana vierailee kuvitteellisessa taiteen linnassa. Siellä hän näkee kahdeksan lempeästi hymyilevää naishahmoa (kuten Villa Lanten sivuhuoneiden kahdeksan naiskuvaa), Danten ja muiden filosofien ja runoilijoiden muotokuvia sekä kohtauksia mytologiasta. Vaikka Villa Lanten kuvat eivät aivan tarkasti vastaakaan runoilijan kertomusta, yhtymäkohtia on paljon.
Kaikkien sivuhuoneiden holvien keskelle on 1600-luvun alussa lisätty Todin piispa Marcello Lanten vaakuna, jossa on kuvattuna Lante-suvun tunnus, kolme valkoista kotkaa. (Vatikaanin suurlähetystön huoneessa vaakuna on tuhoutunut).
Kattomaalaukset vahingoittuivat pahoin 1800-luvulla, kun huvilan ostaneet nunnat peittivät ja jopa tuhosivat säädyttömiksi tulkittuja kuva-aiheita. Toimiston ja Vatikaanin suurlähetystön kanslian kattomaalaukset paljastettiin vasta vuosina 1974–1975 tehdyn restauroinnin yhteydessä.
