Instituutissa tehtävä tutkimus keskittyy antiikin ja keskiajan historiaan, klassilliseen filologiaan, klassilliseen arkeologiaan sekä taiteiden tutkimukseen. Johtajan ja lehtorin tutkimushankkeet ovat keskeisessä asemassa: antiikin Rooman satamakaupunkien, Ostian ja Portuksen vaiheet myöhäisantiikista varhaiskeskiajalle sekä nimien esiintyminen ja niiden merkitys pompejilaisissa asuintaloissa ovat tutkimuksen kohteina juuri nyt.
Instituutissa tutkimustaan tekevät pitkäaikaiset stipendiaatit sekä muut tutkijat rikastuttavat aiheiden kirjoa. Yhteistyötä tehdään myös suomalaisten sekä ulkomaisten yliopistojen ja tieteellisten instituuttien kanssa erilaisissa tutkimushankkeissa.
Suomen Rooman-instituutin johtajakaudellaan Arja Karivierin tutkimusaiheena on Rooman satamakaupunkien, Ostian ja Portuksen historia.
Suomen Rooman-instituutin tutkijalehtorin kaudellaan Eeva-Maria Viitanen analysoi nimiä sisältävien tekstien löytöpaikkoja pompejilaisissa taloissa.
Tiedeinstituuttien avoin tutkimusdata -hanke on Suomen ulkomailla toimivien tiedeinstituuttien yhteinen projekti, joka keskittyy instituuttien tutkimusaineistojen digitaaliseen hallintaan ja avoimeen jakamiseen.
Suomen Ateenan- ja Rooman-instituuttien yhteistyöprojekti Sisiliassa sijaitsevan Naksoksen kaupungin tutkimuksissa.
