Instituutissa tehtävä tutkimus keskittyy antiikin ja keskiajan historiaan, klassilliseen filologiaan, klassilliseen arkeologiaan sekä taiteiden tutkimukseen. Tutkimuksen painopiste on tällä hetkellä sekä antiikin että keskiajan historiassa sekä arkeologiassa. Johtajan ja lehtorin tutkimushankkeet ovat keskeisessä asemassa: antiikin Rooman satamakaupunkien, Ostian ja Portuksen, vaiheet myöhäisantiikista varhaiskeskiajalle sekä seksuaalisen väkivallan narratiivit antiikin mytologiassa ja myyttien toisinnot 2000-luvun elokuva- ja tv-fiktiossa ovat tutkimuksen kohteina juuri nyt.
Instituutissa tutkimustaan tekevät pitkäaikaiset stipendiaatit sekä muut tutkijat rikastuttavat aiheiden kirjoa. Yhteistyötä tehdään myös suomalaisten sekä ulkomaisten yliopistojen ja tieteellisten instituuttien kanssa erilaisissa tutkimushankkeissa.
