Säätiön ja Suomen Rooman-instituutin toimintaa valvoo säätiön valtuuskunta, johon kuuluu vähintään 18 ja enintään 40 viisivuotiskaudeksi kerrallaan valittua jäsentä. Vuonna 1975 ja sitä ennen valitut jäsenet ovat aikaisempien sääntöjen mukaisesti valittuja elinkaudekseen. Suomen Rooman-instituutin johtaja on virkakautensa ajan valtuuskunnan itseoikeutettu jäsen. Valtuuskunnan jäseniä valittaessa on huolehdittava, että edustettuina ovat aina humanistiset tieteet, taiteet sekä koululaitos ja talouselämä.
Pääjohtaja Jussi Nuorteva (puheenjohtaja)
Ylijohtaja Elina Anttila
Lehtori Hellevi Arjava (elinikäinen)
Toimitusjohtaja Kaj-Gustaf Bergh
Pääsihteeri Tuija Brax
Professori Christer Bruun
Kirkkoneuvos Risto Cantell
Professori Marcus Castrén
Ylikirjastonhoitaja Kai Ekholm
Hallituksen puheenjohtaja Antti Herlin
Professori Paavo Hohti
Opetusneuvos Kristina Kaihari
Instituutin johtaja, professori Arja Karivieri (itseoikeutettu jäsen)
Hallituksen puheenjohtaja Petteri Karttunen
Rehtori Jukka Kola
Toimitusjohtaja Hille Korhonen
Taidemaalari Tero Laaksonen
Puhemies emeritus Paavo Lipponen
Laamanni Pekka Merilampi
Toimitusjohtaja Marjo Miettinen
Kansleri emeritus Kari Raivio
Kuvataiteilija Mari Rantanen
Rehtori emerita Aino Sallinen
Yliasiamies Heleena Savela (varapuheenjohtaja)
Lehtori Virpi Seppälä-Pekkanen
Professori Heikki Pihlajamäki
Yksikönjohtaja Liisa Savunen
Toimitusjohtaja Suvi-Anne Siimes
Professori emerita Eva Margareta Steinby
Rehtori Raija Vahasalo
Toimitusjohtaja Matti Vanhanen
Toimitusjohtaja Timo Viherkenttä (varapuheenjohtaja)
Apulaiskaupunginjohtaja Ritva Viljanen
Kansleri Thomas Wilhelmsson
Valtuuskunnan sihteerinä toimii säätiön asiamies.